Au XXIème siècle, à bord du SDF-1 Macross, les immigrants forcés (projetés dans l’espace avec la forteresse après la première attaque Zentradienne) tentent de rejoindre la Terre, avec laquelle tout contact est rompu. Le vaisseau lui même doit perpétuellement faire face aux attaques des Zentrads et des Miltrans. Le jeune Hikari (nom Japonais de Rick Hunter) est l’un des plus valeureux pilotes de Valkyries, les chasseurs métamorphes qui protègent le vaisseau. Quant au moral, il reste bon grâce aux chansons de la jolie Minmay... Mais le jour de la conclusion de la guerre approche.