Les Humanoïdes ont vaincu la terre. Certains, comme Harlock (Albator), se lancent dans la résistance. D'autres, comme le commandant Zéro, restent fidèle au gouvernement même si celui-ci est sous le joug du gouvernement intergalactique.
Devant la menace Harlock, les humanoïdes ordonnent à la Fédération Terrienne de mettre une fin aux exploits du capitaine corsaire. Zero, à bord du vaisseau Karyu, fleuron de la flotte, est chargé de la mission. Il part avec un équipage composé d'humains et d'humanoïdes à la poursuite du célèbre borgne...
